Изначально на месте храма была построена деревянная церковь в 1784 году, каменный храм в честь великомученика Георгия Победоносца с приделами во имя Всех Святых и Святого Духа появился уже в 1810 году — его проспонсировал купец Стефан Сафроненков.
В годы Отечественной войны храм разграбили французы, а в ночь перед отступлением врага к храму принесли из Благовещенской церкви знаменитую смоленскую реликвию — чудотворную икону Божией Матери Одигитрии. Ночью перед ней молились, а 6 августа передали в3-ю артиллерийскую бригаду полковника В. А. Глухова, и всю кампанию 1812 года вдохновляла воинов на ратный подвиг.

В 1898 году храм стали капитально ремонтировать, 13 декабря этого же года в присутствии епископа Смоленского и Дорогобужского Никанора состоялось торжественное Богослужение в обновленном здании Верхне-Георгиевского храма. Быстрому ремонту способствовал купец Будников — при его содействии храму жертвовали деньги многие люди. Например, с помощью прихожанина Дорофея Абрамова были куплены новые ризы для икон, на деньги купца Андреева вставлены новые окна, купца Будникова — две кафельные печи.

С начала XX века рядом с храмом разместили военный госпиталь, а церковь стала считаться госпитальной. Позднее, в 1929 году, храм закрыли и разместили там склад. Вернули Епархии его только в 1993 году.

Храм освятил в мае 1998 года митрополит Смоленский и Калининградский, ныне Патриарх Московский и Всея Руси Кирилл. Он же подарил приходу икону Божией Матери «Неопалимая Купина».

Сейчас храм продолжает принимать прихожан, здесь проходят богослужения.

Как и остальные религиозные учреждения Смоленска, о которых мы не раз говорили в рамках проекта «Смоленская крепость», храм Георгия Победоносца не ждут глобальные перемены. В планах — принимать прихожан и продолжать культивировать и подкреплять духовное, а также помогать смоленским христианам находить силы в вере.