Храм Архангела Михаила был возведен князем Давидом Ростиславичем в 1191—1194 гг. Красота храма воспевалась и древними летописцами. Например, лестно отзывались о строении авторы Ипатьевской летописи: «Такое же несть в полунощной стране, и всем приходящим к ней дивится изрядной красоте ея, иконы златом и сребром, и жемчугом и камением драгим украшены и всею благодатию исполнена», — читаем в Ипатьевской летописи.

О названии церкви имеются два варианта. В старину ее называли «Храмом чуда архистратига Божия Михаила в Хонех». Второй вариант — «Свирская». Название связано, по мнению ученых, с тем, что храм стоял на пересечении путей из Северских, или свирских, земель. Иногда связывают возникновение второго названия с приделом преподобного Александра Свирского, освященного в 1733 г.

По мнению некоторых исследователей, впоследствии при Михайловском храме был учрежден монастырь. В 1611 г., как и многие храмы Смоленщины, поляки обратили церковь в костел. До построения в городе в 1627 г. католического кафедрального собора, Свирская церковь являлась соборным храмом всех католиков города. После возвращения Смоленска Москве, с 1655 г. храм стал приходским.

В 1812 г. Свирское предместье было занято французскими войсками. Михайловская церковь была разграблена баварцами, уничтожившими в ней напрестольную сень, иконы и деревянный пол. После изгнания французов, благодаря императору Александру I церковь была возобновлена, и в память об этом придел преподобного Александра был переосвящен в честь благоверного князя Александра Невского.

Во второй половине XIX в. Свирская церковь исполняла функции арестантского, а затем и полкового храма, оставаясь, в то же время, и приходской.
Главными святынями храма являлись Иерусалимская икона Божьей Матери, расколотая французами на две части и выброшенная на кладбище, а также гробница строителя — князя Давида Ростиславича.

В XVIII в. одним из ярких жертвователей на нужды церкви являлся купец Василий Григорьевич Хлебников. Он на свои средства отреставрировал храм, выстроил каменную колокольню и обнес храм каменной оградой. При церкви на средства В. Г. Хлебникова было открыто училище для бедных и беспризорных детей. Это учебное заведение было первым народным училищем в Смоленске после поляков, исключая духовные училища и семинарию.
29 января 1930 г. Свирский храм был закрыт. В его здании располагался склад Народного Комиссариата Обороны.

В 1963 г. по проекту П. Д. Барановского были проведены реставрационные работы, позволившие восстановить первоначальные проемы над притворами и удалить наслоения XVIII—XIX вв. С 1978 г. шла научная реставрация фасадов и интерьера по проекту С. С. Подъяпольского и Т. Е. Каменевой.

В 1990 г. Михайловский храм передан Смоленской епархии. После проведенной реставрации и установления нового резного каменного иконостаса, 21 ноября 1994 г. митрополит Кирилл освятил Свирскую церковь.

В настоящее время храм принимает прихожан, здесь проводятся богослужения и ведутся местные реставрационные работы.

Как и остальные религиозные учреждения Смоленска, о которых мы не раз говорили в рамках проекта «Смоленская крепость», Церковь Архангела Михаила не ждут глобальные перемены. В планах — принимать прихожан и продолжать культивировать и подкреплять духовное, а также помогать смоленским христианам находить силы в вере.